Давно обещанная дискуссия с Кушелевым (сейчас 27 писем)

[jayrandom]

Это не только для "танкистов", но и для всех людей доброй воли, кому интересно, какими методами иногда делается наука. Манипуляция и обман. Переписка с Александром Юрьевичем Кушелевым. Лучше сначала посмотреть мои предыдущие постинги на эту тему: самый первый и самый второй.

Comments

По танку вдарила болванка...

[b-my.livejournal.com]

Кстати, я с твоей подачи стал немного посмотреть по методам структурного анализа, и обнаружил, что нейтронодифракция для белков рулит однозначно. Это дорогой метод, и наверное поэтому белковой базы для него я не нашел. Но зато этот метод офигительно хорош. :) Тем, что чувствует водород, который на рентгене практически не виден.
Наличие хороших данных по водороду резко снижает неоднозначность. Так что если ты найдешь данные нейтронодифракции по какому-то белку, то в совокупности с РСА и ЯМР можешь считать, что знаешь об этом белке все совершенно точно.

Я в белках не шарю, потому не знаю, чего вообще можно искать. :)

Единственная заморока на этом пути - метод, как и РСА, сухой.

[b-my.livejournal.com]

Вот посмотри, например, на эту штуку:
http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=54136&action=stream&blobtype=pdf
Ну разве не красота? :)

красота :)

[jayrandom.livejournal.com]

Прочитал, но пока мало понял. Главное, чего не вижу - это соответствующих структур в базе. Получается, что либо эксперимент не довели до конца, либо целью не была структура (а только, может, какие-то детали типа этих самых углов гидроксильных групп).

Кстати, в качестве разрешающей способности там снова стоят числа порядка 1-2 ангстрёмов. Многовато будет, типа. Или нет?

В базе структур существует всего одна структура, определенная методом нейтронной дифракции (будем разбираться), плюс 6 структур методом электронной крио-микроскопии (мужики на морозе в ватниках и полушубках смотрят в микроскоп?), 1 структура методом 3-мерной электронной томографии и еще пару десятков EPR spectroscopy. Все остальное - старый добрый ЯМР и рентген.

Похоже, пока концептуально новой датой в промышленных масштабах еще не пахнет. Да, кстати, ты обратил внимание, что в статье, что ты послал, кристалл получали примерно год?

Все эти ребята бы Кушелева на сувениры растаскали, ежели бы его "наколенные" алгоритмы работали...

комментс?

[jayrandom.livejournal.com]

А что скажешь по поводу переписки? Ну хоть посмейся от души.

Сегодня еще пару писем добавил. Ух... как со стенкой, право! :)

Re: комментс?

[b-my.livejournal.com]

Ну, что я могу сказать? Подумалось только, что с резонаторами может быть не все однозначно. :)

Прошлой осенью я наблюдал мучения одного товарища, который допустил, что микроволновая тарелка может летать. Ха! Зачем же палец давать, если руку жалко? :)
Короче, все началось с переписки, а в итоге человек мучался с проверкой всех возможных вариантов "двигателей" на лампах бегущей волны, магнетронах жуткой мощности, согласованием, изготовлением и еще черт знает чем. Есть такие люди, которые могут так вот все обустроить, ну, ты понимаешь, на нескольких примерах видел. :) Причем стиль всего этого дела соблюдался неизменно: чел (очень пробивной) бегает, договаривается об аппаратуре (по-настоящему редкой и чудесатой), варит переходники (работа тонкая, требует многих расчетов и дорогая), добивается доступа на территорию (многие такие штуки жутко секретны - это ж все военка), ставит эксперимент - и ша! Облом, ессно.
А потом Кушелев объясняет ему в чем была ошибка (ламерский переходник, маломощная ЛБВ, плохие расчеты, или он сам чего-то "не учел", ну стиль ты представляешь), и все начинается по-новой. Ведь ресурсы уже вложены, и немалые, а однозначного результата нет, как же так?
Соль анекдота не в том, что это продолжалось год(!), а в том, что где-то два месяца назад чел начал "наблюдать эффект". :)
Человека жалко, и никому его судьбы не желаю.

Но вот это самое "а вдруг?" меня все это время немножко мучало. Извини, что втравил тебя в это дело, но я: а) очень верил и верю в твое рацио :) б) надеялся, что если чего, то всегдв успею поделиться с тобой своим скепсисом. :)

Все-таки очень верно сказано, что "эктраординарная гипотеза требует экстраординарных доказательств". :)
Примерно так.

Re: красота :)

[b-my.livejournal.com]

Я так понял, что стуктура именно этого триптоцина НСА уже хорошо изучена и всем известна, именно поэтому они и взялись за тонкие эффекты навроде положения этих гидроксильных групп.

Многовато? Ну, наверное... меньше было бы лучше.
Тут соль не в том, что нейтроны очень точные вообще (хотя в потенциале это, наверное, так), а в том, что они видят водород, о котором на рентгене ты только гадаешь, и для них высококонтрастны элементы с близкими номерами. Например, азот и кислород.
Во-первых, это должно резко сужать поле интерпретаций дифракционной картинки. А во вторых, ну представь - так ты только предполагаешь, что где-то тут должен быть водород, из расчетов, а так ты видишь что водород - вот тут. То есть резко сужается возможность "полной ошибки", когда у тебя не "вот этот водород на треть ангстрема вверх и влево", а "вообще вот этого здесь нету, а вот тут оно на самом деле". Для предсказания фолдинга, я так понимаю, первый тип ошибок не столь критичен как второй.

Для промышленного масштаба даты нужна эта самая "промышленность". А стоимость установок для НД велика, установок мало. Для того чтобы сделать рентген нужна рентгеновская трубка. А для того чтобы сделать нейтроны, нужен ядерный реактор с хорошей мощностью, нейтронными отводами, монохроматором и еще кучей всякого железа, которое потом станет радиоактивным... но полезность метода сейчас крепко осознали.
Но я к чему? К тому, что если кто-то, в порядке исключения, получил такую дату для избранных белков, то это грех не использовать. Хотя бы в таких вот случаях. :)

О, это всяко. :)

дык, и с фолдингом не все однозначно...

[jayrandom.livejournal.com]

Понимаешь, это снова область больших возможностей. Особенно с таким подходом: 3 - простое, 5 - простое, 7 - простое, 9 - эээ... ошибка эксперимента, 11 - простое, 13 - простое ... :)

Огромное спасибо за красочное описание того, что было "до нас" :) Это многое объясняет, хороший урок. Такого рода идей у меня самого дофига, включая всевозможные "объективные проверки астрологии". На много-много человек хватит. А если еще кто профинансирует - мы вообще развернемся - только держись :)

"А вдруг?" я и сейчас не исключаю по многим интересующим меня направлениям. Просто ресурсов для форсирования этого дела пока нет, и я тихонько слежу за последними новостями. Если кто другой откроет - я буду только рад и постараюсь разобраться в сути. Если нет - буду до поры до времени мечтать, что "дайте, дайте мне ускоритель, и я щас мигом все фолды нарисую" :)

Чего я пока умею довольно плохо - это "подсадить" другого человека на свою идею, чтобы он схватил ноги в руки и побежал проверять мои гипотезы. В этом смысле Кушелев, бесспорно, ПРОФЕССИОНАЛЬНЫЙ ГЕНИЙ :)

вдогонку:

[jayrandom.livejournal.com]

Спасибо за (а) и за (б), конечно же :)

Действительно, ты поделился скепсисом очень вовремя, ибо я немножко завис на распутьи :)

Впрочем, а вдруг и в самом деле... :)))

Будем искать...

[jayrandom.livejournal.com]

... или ждать, пока эта дата станет доступной.

Хотел бы я увидеть картинки с РСА и пронаблюдать процесс интерпретации оных, чтобы своими органами чувств, так сказать, познать все прелести.

Re: Будем искать...

[b-my.livejournal.com]

О, у нас этого гуталину... :)
Правда, у меня неорганика и вообще все простенькое (относительно белков). Но, если хочешь - накину.

Re: дык, и с фолдингом не все однозначно...

[b-my.livejournal.com]

А что за идея, если не секрет? Такая, что именно ускоритель нужон?

дык,

[jayrandom.livejournal.com]

тот же самый НСА заместо РСА. Сам же говорил, что основной ресурс для него - ускоритель под рукой.

Но я восхищаюсь людьми, которые в состоянии всех вокруг построить. В этом основной поинт коммента :)

конечно, хочу!

[jayrandom.livejournal.com]

Давай, кидай, очень интересно. Желательно в общедоступном формате. Самый супер - это если еще и с комментариями "посмотрите налево, посмотрите направо". Для ламеров.

Кстати, почему бы не запостить такой постинг в свой журнал? Думаю, не мне одному интересно.

Re: конечно, хочу!

[b-my.livejournal.com]

Это потребует некоторого времени - комментарии, я имею в виду, а не пост файла с датой.

Если честно, не думаю, что еще кому-то может быть интересна интересна сырая дата с рентгенодифрактометра. :)
Даже с комментариями. :)

будет-будет!

[jayrandom.livejournal.com]

Обязательно будет. Мне интересно, а потом будет интересно тем, с кем я общаюсь. Значительно проще дать линк на ЖЖ-постинг, чем рыться по почте в поисках. Да и нагляднее все на одной страничке.

А тебе, надеюсь, один пень, куда выкладывать (если уж соберешься) :)