правильные многогранники в природе
Sep. 30th, 2004 02:26 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
jayrandomЗамечательная страничка, где можно посмотреть на "формы тела" разных вирусов. Любопытно построение аденовирусов и вирусов папильомы (вызывающих бородавки). Относительно простые элементы группируются в мини-икосаэдры, которые уже хранят в себе геном вируса. В каком-то смысле, это видимое, т.е. макропроявление валентности. Шестивалентность выражается в построении плоских сотоподобных треугольников, а пятивалентность проявляется на швах - см. схему:
Красиво!
Красиво!
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2004-09-30 10:09 am (UTC)no subject
Date: 2004-09-30 12:07 pm (UTC)no subject
Date: 2004-09-30 12:34 pm (UTC)Однако часто даже простые методы работают, и даже без особого оверфиттинга...
no subject
Date: 2004-09-30 12:45 pm (UTC)тут мой бывший шеф как раз на семинаре сказал : удивительно что эсвиэмы, вытекающие из теории машинного обучения, как раз именно этой теорией и не описываются так как у них VC размерность бесконечная в случае гауссова кернеля. И вообще теория сильно расходится с практикой. Но.. оно (эсмиэм) работает! Отсюда видимо следует так понимать что подход к теории должен быть снисходительным - хрен с ним, пусть расходится с практикой, лишь бы методы, вытекающие из этой теории, работали:))
всё ж таки я так полагаю для статьи неплохо было бы вставить предложеньице по поводу байолоджикалли инспайэрд мотивэйшн :)
no subject
Date: 2004-09-30 01:35 pm (UTC)no subject
Date: 2004-09-30 02:40 pm (UTC)no subject
Date: 2004-10-04 01:16 am (UTC)no subject
Date: 2004-10-04 02:06 am (UTC)На формальном уровне не так уж много искажений, которые можно легко описать. Но они есть. Например, если ты классифицируешь транслируемый материал (ДНК или РНК, которая в дальнейшем превратится в белок), то важным будет соблюдение троичности получаемого кода. Скажем, если где-то выпала одна единственная буква, мы получим т.н. frameshift, и, скорее всего, получится что-то невитальное. Но если тут выпала одна, а чуть подальше - ещё две буквы, в результате чего возникло небольшое локальное искажение, но белок как таковой может продолжать существовать, и даже не потерять свои полезные функции.
Можно пойти ещё дальше. На прошлой неделе один мужик давал тут семинар о том, как можно отметать потенциальный мусор из РНК на базе того, будет ли странслированный белок в дальнейшем хорошо кристаллизовываться. Всё в чистом силиконе - они берут ДНК, находят на ней места потенциального сплайсинга, генерируют все возможные комбинации, а потом каждый транскрипт "мысленно" транслируют, СВОРАЧИВАЮТ (предсказывая 3-мерную форму), а затем смотрят, насколько вероятно, что белок вообще может такую форму принять - это уже исходя из каких-то физико-квантовых моделей.
В результате получается, что чтобы сравнить два стринга, нужно очень глубоко погрузиться в семантику этих самых стрингов. Ужас-ужас... :)
no subject
Date: 2004-10-04 02:36 am (UTC)ну хорошо допустим никаких frameshift'ов
ну всё равно есть ли "мусорные" и "важные" посл-ти? ты кажется называл мне примеры первых..
no subject
Date: 2004-10-04 03:58 am (UTC)Например, есть:
- белок-кодирующие области (в чистом виде - как, например, бактериальные гены)
- полные гены (в которые входят и некодирующие участки, т.н. интроны, предположительно ни на что не влияющие)
- изначально некодирующие управляющие последовательности (всякие там промотеры, терминаторы, сплайс-сайты, энхансеры, сайленсеры)
- изначально некодирующие белок, но кодирующие РНК-продукт, гены
К ним ко всем немножко разный подход, исходя из их частичной информативности и частичной мусорности.
no subject
Date: 2004-10-04 06:08 am (UTC)>d1a03a_ 1.41.1.2.1 Calcyclin (S100) {Rabbit (Oryctolagus cuniculus)}
maspldqaiglligifhkysgkegdkhtlskkelkeliqkeltigsklqdaeivklmddldrnkdqevnfqeyitflgalamiynealkg
1.41.1.2.1 - это код семейства/подсемейства гемоглобина которое я предиктю
no subject
Date: 2004-10-04 06:23 am (UTC)Но некоторые - более важны :) Надо где-то надыбать таблицу аминокислот (которые, собственно, этими буквами кодируются) - они тоже распадаются на несколько классов: гидрофильные, гидрофобные, полярные, ... , и внутри каждого класса замена считается менее критичной, чем если буква из одного класса заменяется на букву из другого.
Кстати, можешь попробовать запостить вопрос в
no subject
Date: 2004-10-04 02:10 am (UTC)гы
no subject
Date: 2007-03-20 10:05 am (UTC)