правильные многогранники в природе

[jayrandom]

Замечательная страничка, где можно посмотреть на "формы тела" разных вирусов. Любопытно построение аденовирусов и вирусов папильомы (вызывающих бородавки). Относительно простые элементы группируются в мини-икосаэдры, которые уже хранят в себе геном вируса. В каком-то смысле, это видимое, т.е. макропроявление валентности. Шестивалентность выражается в построении плоских сотоподобных треугольников, а пятивалентность проявляется на швах - см. схему:


Красиво!

Comments

[jayrandom.livejournal.com]

Мне кажется, что всё не так просто. На деле веса должны придаваться исходя из семантики мутации, из того, приводит ли она к чему-то более витальному или менее витальному.

На формальном уровне не так уж много искажений, которые можно легко описать. Но они есть. Например, если ты классифицируешь транслируемый материал (ДНК или РНК, которая в дальнейшем превратится в белок), то важным будет соблюдение троичности получаемого кода. Скажем, если где-то выпала одна единственная буква, мы получим т.н. frameshift, и, скорее всего, получится что-то невитальное. Но если тут выпала одна, а чуть подальше - ещё две буквы, в результате чего возникло небольшое локальное искажение, но белок как таковой может продолжать существовать, и даже не потерять свои полезные функции.

Можно пойти ещё дальше. На прошлой неделе один мужик давал тут семинар о том, как можно отметать потенциальный мусор из РНК на базе того, будет ли странслированный белок в дальнейшем хорошо кристаллизовываться. Всё в чистом силиконе - они берут ДНК, находят на ней места потенциального сплайсинга, генерируют все возможные комбинации, а потом каждый транскрипт "мысленно" транслируют, СВОРАЧИВАЮТ (предсказывая 3-мерную форму), а затем смотрят, насколько вероятно, что белок вообще может такую форму принять - это уже исходя из каких-то физико-квантовых моделей.

В результате получается, что чтобы сравнить два стринга, нужно очень глубоко погрузиться в семантику этих самых стрингов. Ужас-ужас... :)

[suhov.livejournal.com]

ой мама как всё сложно..
ну хорошо допустим никаких frameshift'ов
ну всё равно есть ли "мусорные" и "важные" посл-ти? ты кажется называл мне примеры первых..

[jayrandom.livejournal.com]

Последовательностей очень много разных. Лучше скажи, над каким материалом ты работаешь - проще будет.

Например, есть:
- белок-кодирующие области (в чистом виде - как, например, бактериальные гены)
- полные гены (в которые входят и некодирующие участки, т.н. интроны, предположительно ни на что не влияющие)
- изначально некодирующие управляющие последовательности (всякие там промотеры, терминаторы, сплайс-сайты, энхансеры, сайленсеры)
- изначально некодирующие белок, но кодирующие РНК-продукт, гены

К ним ко всем немножко разный подход, исходя из их частичной информативности и частичной мусорности.

[suhov.livejournal.com]

пример

>d1a03a_ 1.41.1.2.1 Calcyclin (S100) {Rabbit (Oryctolagus cuniculus)}
maspldqaiglligifhkysgkegdkhtlskkelkeliqkeltigsklqdaeivklmddldrnkdqevnfqeyitflgalamiynealkg

1.41.1.2.1 - это код семейства/подсемейства гемоглобина которое я предиктю

[jayrandom.livejournal.com]

Ааа... совсем другая наука :) То есть, ты уже странслированные белки классифицируешь. Тогда мои предыдущие советы можешь пока проигнорировать - тут уже все буквы важны.

Но некоторые - более важны :) Надо где-то надыбать таблицу аминокислот (которые, собственно, этими буквами кодируются) - они тоже распадаются на несколько классов: гидрофильные, гидрофобные, полярные, ... , и внутри каждого класса замена считается менее критичной, чем если буква из одного класса заменяется на букву из другого.

Кстати, можешь попробовать запостить вопрос в ru_genetics, там встречаются очень толковые спецы.