Мне кажется, что всё не так просто. На деле веса должны придаваться исходя из семантики мутации, из того, приводит ли она к чему-то более витальному или менее витальному.
На формальном уровне не так уж много искажений, которые можно легко описать. Но они есть. Например, если ты классифицируешь транслируемый материал (ДНК или РНК, которая в дальнейшем превратится в белок), то важным будет соблюдение троичности получаемого кода. Скажем, если где-то выпала одна единственная буква, мы получим т.н. frameshift, и, скорее всего, получится что-то невитальное. Но если тут выпала одна, а чуть подальше - ещё две буквы, в результате чего возникло небольшое локальное искажение, но белок как таковой может продолжать существовать, и даже не потерять свои полезные функции.
Можно пойти ещё дальше. На прошлой неделе один мужик давал тут семинар о том, как можно отметать потенциальный мусор из РНК на базе того, будет ли странслированный белок в дальнейшем хорошо кристаллизовываться. Всё в чистом силиконе - они берут ДНК, находят на ней места потенциального сплайсинга, генерируют все возможные комбинации, а потом каждый транскрипт "мысленно" транслируют, СВОРАЧИВАЮТ (предсказывая 3-мерную форму), а затем смотрят, насколько вероятно, что белок вообще может такую форму принять - это уже исходя из каких-то физико-квантовых моделей.
В результате получается, что чтобы сравнить два стринга, нужно очень глубоко погрузиться в семантику этих самых стрингов. Ужас-ужас... :)
![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png)
timeasmymeasure
no subject
Date: 2004-10-04 02:06 am (UTC)На формальном уровне не так уж много искажений, которые можно легко описать. Но они есть. Например, если ты классифицируешь транслируемый материал (ДНК или РНК, которая в дальнейшем превратится в белок), то важным будет соблюдение троичности получаемого кода. Скажем, если где-то выпала одна единственная буква, мы получим т.н. frameshift, и, скорее всего, получится что-то невитальное. Но если тут выпала одна, а чуть подальше - ещё две буквы, в результате чего возникло небольшое локальное искажение, но белок как таковой может продолжать существовать, и даже не потерять свои полезные функции.
Можно пойти ещё дальше. На прошлой неделе один мужик давал тут семинар о том, как можно отметать потенциальный мусор из РНК на базе того, будет ли странслированный белок в дальнейшем хорошо кристаллизовываться. Всё в чистом силиконе - они берут ДНК, находят на ней места потенциального сплайсинга, генерируют все возможные комбинации, а потом каждый транскрипт "мысленно" транслируют, СВОРАЧИВАЮТ (предсказывая 3-мерную форму), а затем смотрят, насколько вероятно, что белок вообще может такую форму принять - это уже исходя из каких-то физико-квантовых моделей.
В результате получается, что чтобы сравнить два стринга, нужно очень глубоко погрузиться в семантику этих самых стрингов. Ужас-ужас... :)