Наномир. Дорогая редакция...

[jayrandom]

Вот это да... если это все правда, то какая огромная тусовка непонятно чем занимается!

Кратко, основная идея: 61 кодон для 20 аминокислот существуют не просто ради избыточности. Эта-то избыточность и определяет пространственную структуру получающегося белка!

Для пехотинцев: классически, в биоинформатике считается, что РНК-аминокислотный код - избыточный (от 1 до 6 разных триплетов кодирует одну аминокислоту). Алгоритмически странслировав триплеты в аминокислоты, нам говорят: "все, мы сэмулировали процесс, происходящий в природе при трансляции. Вот вам цепочка аминокислот. Теперь эта хрень примет 3-мерную форму, которая однозначно определяется химической структурой."

А вот и хрен, неоднозначно. Потому-то предсказание трехмерной структуры белка и оказывается такой сложной и почти неразрешимой задачей. "Ищут пожарные, ищет милиция..." Эх, напьюсь :)

Вообще, конечно, хроники лаборатории "Наномир" впечатляют безмерно. И с юмором - внимание на фотки примерно в середине этой статьи - с ребенком :) Разумеется, статью тоже стоит прочитать.

Comments

[b-my.livejournal.com]

:))) Ага. :)
Когда-то да-авно я тебе линк на это дело накидывал, с целью поинтересоваться, а что ученые биоинформатики, наш форпост прогресса, думают по поводу рреволюционнейших идей, овладевших отдельными представителями народных масс.

В физике, кстати, идеи у него куда более революционные (собссно, даже упомянутые в статье формы орбиталей - очень неортодоксальная вещь)... такой чувак... разноплановый. :)
Но насколько я ничего не понимаю в радиофизике, резонаторы у него действительно _очень_ интересные, необычные и крутые (если он не наврал прямо про добротность). Вот это-то меня попервой и смутило. :)

[kostia-inochkin.livejournal.com]

По поводу теории.
Мы сегодня весь обед с болгарами-микроскопистами из соседнего института обсуждали методы разглядывания структуры белков. Так что обсуждение принимает международный масштаб, хотя бы на кухонном уровне:)
Так вот. Они долго объясняли, что рентген - штука очень точная относительно того, какие методы проникновения в структуру молекулы мы имеем на данный момент в принципе.
Конечно, структуры 10 белков, которые исследованы и рентгеном, и микроскопически, и по-всякому теоретически, выглядят достовернее тех, для которых имеется только ренгенные, допустим, данные. Но даже если остальные 290 (? - сколько там всего белков имеется с хоть-каким-то вариантом структуры?) изучить персонально с применением кучи разных методик (читай - на каждый белок какой-то товарищ кладет полжизни), то кардинально представление об их структуре не изменится. Слишком много всяких данных и расчетов тратится на выведение структуры по рентгену.
Сейчас, кстати, у них стоит в лаборатории любопытный электронный микроскоп, таких в мире - 10 штук. Он позволяет замораживать образец в жидком азоте, а потом вставлять его в микроскоп (тоже весь с жидком азоте и гелии), и там смотреть. Причем образец можно крутить. Собственно, для разглядывания белков эта штуковина - идеальная, потому что в замороженном виде они живут под потоком электронов из пушки микроскопа значительно дольше, да еще и крутить можно. В Штатах сейчас еще один дядька делает еще лучший микроскоп.
(Правда, на этом микроскопе особо не работают, это всё политика сенсея, коий есть не очень умный и активный товарищ).
Разрешение микроскопа, правда, невелико - ну, 3 ангстрем в лучшем случае, но зато видно как этот самый белок натурально сложен. И это есть микроскопный плюс - супер-высоко-разрешительный рентген этого не умеет.
Так-что в недалеком будущем структуры белков выяснят совершенно определенно, с помощью и рентгена, и микроскопа, дело за малым - наладить методику. Думаю, это дело пары лет. Тогда мы и посмотрим, кто здесь ДъАртаньян!