Наномир. Дорогая редакция...

[jayrandom]

Вот это да... если это все правда, то какая огромная тусовка непонятно чем занимается!

Кратко, основная идея: 61 кодон для 20 аминокислот существуют не просто ради избыточности. Эта-то избыточность и определяет пространственную структуру получающегося белка!

Для пехотинцев: классически, в биоинформатике считается, что РНК-аминокислотный код - избыточный (от 1 до 6 разных триплетов кодирует одну аминокислоту). Алгоритмически странслировав триплеты в аминокислоты, нам говорят: "все, мы сэмулировали процесс, происходящий в природе при трансляции. Вот вам цепочка аминокислот. Теперь эта хрень примет 3-мерную форму, которая однозначно определяется химической структурой."

А вот и хрен, неоднозначно. Потому-то предсказание трехмерной структуры белка и оказывается такой сложной и почти неразрешимой задачей. "Ищут пожарные, ищет милиция..." Эх, напьюсь :)

Вообще, конечно, хроники лаборатории "Наномир" впечатляют безмерно. И с юмором - внимание на фотки примерно в середине этой статьи - с ребенком :) Разумеется, статью тоже стоит прочитать.

Comments

Кстати.

[b-my.livejournal.com]

Если на белок посветить УФ, он будет светиться, причем сила его свечения будет зависеть от длины волны. Светятся там три аминокислоты - "aromatic phenylalanine, tyrosine and tryptophane", которые содержат ароматические кольца. Разумеется, способность белка светиться зависит от фолдинга, потому как на кольца влияет их окружение, а окружение в свернутом виде совсем иное.

Далее начинаются чудеса. Белок сфолжен только в определенном интервале температур, ниже и выше он расфолжен, так что если белок заморозить, а затем начать греть, то можно засечь момент, когда он завернется в правильную форму, более того - наблюдать за процессом свертки, ведь время этого заворота достаточно велико. Порядка микросекунд.

То есть белок морозим - он раскладывается. Затем начинаем греть ИК-лазером. Все это время делаем "вцик!-вцик!-вцик!" импульсным УФ-лазером, на что наши три аминокислоты откликаются светом (время отклика, за которое аминокислота высветит свое в ответ, очень мало, для трифторана - порядка 14нс). Отклик аккуратно записываем.

В результате имеем картинку во времени "как изменялось окружение ароматических колец за время фолдинга". Разумеется, по этой картинке однозначно сказать, мимо кого эти кольца пролетали, нельзя. Но можно сравнить эту картинку с нашей компутерной симуляцией и сделать выводы, насколько она соответствует реальности... что, я так понимаю, вам тоже ценно.

Re: Кстати.

[b-my.livejournal.com]

Блин... пишу довольно сумбурно, на кнопочки "редактировать" тут совсем нет. Извини. :\

Re: Кстати.

[b-my.livejournal.com]

Например:
триптофана, конечно. А не трифторана. :\ :)

Кстати,

[jayrandom.livejournal.com]

Спасибо, интересно!

Особенно интересно, что способность к свечению как-то связана с наличием бензольного кольца. Еще вопрос, как различные инстансы одной и той же аминокислоты различить. Можно ли их как-нибудь пометить, чтобы все по-разному? А то если у нас 50 триптофанов и 27 фенилаланинов в цепочке, то как эту кашу потом разбирать?

Насчет триптофана не волнуйся, все свои :) Мне тоже ужасно не нравится в местном интерфейсе две вещи: нельзя исправлять коммент (можно только стирать, копируя в клипборд с последующим повторным комментированием) и нельзя отпривьювить постинг (а можно, наоборот, только запостить, а уже потом исправлять). Но иногда эти "баги" оборачиваются фичами, особенно когда заводишь политические споры. А то есть тут всякие любители слово сказать - и быстренько в кусты... :)

Re: Кстати,

[b-my.livejournal.com]

Когда-то давно в популярной книжке читал, что вся химия красителей пошла от синтеза анилина. :)

Да, и еще, в текущем варианте (тот, что на картинке) не различают даже эти самые три аминокислоты друг от друга... а ты говоришь, пометить конкретную. :) В _принципе_ - наверное, что-то еще выцепить можно. Например,что-то можно сказать по спектру эмиссии. Но почему-то мне кажется, что никто этим заниматься особенно не будет: метод (насколько я понял) пока вообще не претендует на большую предсказательную силу. Тут акцент делают на том, что мы _вообще_ можем как-то _проверить_ наши предсказания на практике, вживую, не только результат, но и _процесс_ фолдинга.
Каша? Но ведь и в каше РСА или ЯМР (особенно) без поллитры, компьютера и софта не разобраться. Ну и что такого, если у нас, как правило, все-таки есть поллитра, компьютер и софт? :)

(Кстати, возможно было бы сделать то же самое с ЯМР... но тут много проблем, и нужна новая аппаратура, радикально отличная от нынешней :\. Будем надеяться, кто-нибудь сподобится на такие затраты.)

Ну да. :) Что написано, то не вырубишь... И не врубишь. :)
Я не то чтоб недоволен этими порядками (скорее даже за - а то потом смотришь на дискуссию и тут - ответы, а тут - "комментарий удален", ну и о чем речь шла?), я просто констатирую, что мне так плохо. Одного уровня редактирования (в редакторе-то все-таки можно внести любые поправки, а "не уверен - не отправляй") мне недостаточно. :)

Кушелев сопротивляется...

[jayrandom.livejournal.com]

Кажется, ты этого еще не читал...

Кроме того, у нас завязалась с Александром Юрьевичем горячая переписка, в которой я по энному разу получил те же самые аргументы. Блин, я верю, что ему нравится гипотеза - мне она тоже нравится, очень, ОЧЕНЬ красивая. Но она, блин, не работает - и все тут... Грустно. Одним энтузиастским Юпитером науки не сделаешь, нужен еще мрачный Сатурн, который ограничивает фантазию мечтателей.

Я все думаю, выложить ли сюда переписку с ним, или не стоит?

Re: Кушелев сопротивляется...

[b-my.livejournal.com]

Выложи, конечно, если не в лом. Мне вот было бы интересно.
А моральная сторона вопроса тут совершенно прозрачна: он же сам ее выкладывает, ну так твой копирайт строго того же плана. :)

А то, что не угадалось - ну, конечно. Это и ожидалось, ставили-то на "а вдруг?". Закономерно, что не прокатило, в обычной жизни это никогда не прокатывает. :)

ты, наверное, единственный, кому интересно :)

[jayrandom.livejournal.com]

Глянь мой последний постинг.

Единственный? :)

[b-my.livejournal.com]

-...Михаил Сергиеч, нельзя Союз открывать, убегут же от нас все, вдвоем останемся.
- Э... А кто второй-то?
:)

и ты, Брут? :)

[jayrandom.livejournal.com]

Ну вот сам же написал, что тебе было бы интересно. Со мной под это дело pikitan даже хостингом поделился, вот! Неужели ты меня кинешь на растерзание подмосковному самоделкину? :(

Кстати, по поводу хостинга - если ты еще не заметил, я продолжаю инкогничать... Понятно, что многое когда-нибудь вылезет, и мне даже самому интересно, в какой форме, просто неохота форсировать. Недавно обнаружилось, что есть люди, которые знают меня только как жонглера :)

-Я - Брут... - И я - Брут.

[b-my.livejournal.com]

Когда ты говоришь, что я - единственный, кому интересно, ты исключаешь себя. :)

Инкогничать? Но ты же разослал урл всем знакомым. :)
Если это инкогнито - я шпиён под прикрытием. :)

плохо выразился

[jayrandom.livejournal.com]

Ты прав - инкогнито - это когда старые друзья и знакомые не узнают. В данном случае все наоборот - идея была в том, чтобы у новых людей вызвать новое впечатление, чтобы новый образ по возможности был непохож на старый. Типа "виртуал с чистого листа" :) Время идет, и нынешние интересы у Jayrandom'а сильно непохожи на былые интересы Л. Хотя, если разобраться, можно наблюсти преемственность :)

Re: ты, наверное, единственный, кому интересно :)

[kostia-inochkin.livejournal.com]

а, допёрло.
очень коротенький постинг, мимо пальцев проскочил:) щас почитаю

Re: Кушелев сопротивляется...

[kostia-inochkin.livejournal.com]

А ты выложи под замок, только для заинтересованных проверенных юзеров:)