о возникновении интронов - гипотеза #2
Jul. 8th, 2004 09:28 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
jayrandomВсё-таки не оставляет тема интронов в покое.
С точки зрения программиста, сплайсинг (удаление из гена некодирующих частей - интронов) - это удаление комментариев. Комментарии в программе тоже являются информацией, но это информация значительно более высокого порядка - она предназначена для чтения людьми. Для машины же существуют специальные комбинации в начале и конце комментария, по которым он однозначно опознаётся и вырезается.
В случае геномов мы видим, что чем выше организация, тем больше комментариев и тем они длиннее - это естественно. По-видимому, геномы бактерий представляют из себя что-то настолько простое (с точки зрения предположительного Создателя), что комментировать там попросту нечего было. Их геном даже на отдельные хромосомы не делится - что уж тут говорить... :)
С другой стороны, язык развивался, и в какой-то момент в него потребовалось внести изменения. Как мы знаем, в подобных случаях для сохранения совместимости в искусственных языках начинают модифицировать комментарии: с помощью специальных служебных комбинаций часть "комментариев" преобразуется в надстройку языка. Так, например, в HTML в своё время интегрировали скрипты наподобие JavaScript: синтаксически упрятали надстройку в комментарии. Старый синтаксический анализатор просто пропускает их, в то время, как надстроенный в состоянии вычитать из них некоторую мета-информацию.
Далее. Знатоки языка Си (Не Си++, а именно истокового, базового Си) узнают в механизме альтернативного сплайсинга - классический Си-препроцессор с ветвлением! Ничего особенного. Просто в одних условиях в код вставляется один элемент, а в других он либо не вставляется вовсе, либо заменяется другим. В результате код получается компактнее и универсальнее, если нужно удовлетворить различным метаусловиям. Если бы Си-препроцессор не был бы задуман изначально, а появился бы как результат развития языка, то самое естественное - было бы запихнуть его в комментарии, что мы и наблюдаем в природе.
Отдельная мысль о контенте. Недавно мне пришёл спам с сабджектом "Enn111arrginggg y0our peeniss". Отметив про себя, что от популярной идеи, что если все буквы переставить, то человек смысл всё равно прочитает, теперь просто перешли на мягкий финно-угорский акцент, я вдруг сообразил, что это я наблюдаю ни что иное, как... Ну-ка сравните:
Правда интересно? В интронах "финно-угорский акцент" очень популярен. Буквы удваиваются, утраиваются, и так далее. А не спам ли это? :)
Вышеприведённые мысли не обязательно отрицают то, что я писал раньше. Ведь вполне возможно к одной функции прилепить какую-нибудь другую. Например, как можно вычитать у Льюина(8е издание), белки, занимающиеся транспортировкой мРНК через поры в ядре, не в состоянии прицепиться к мРНК непосредственно, поэтому они цепляются к сплайсеосоме (комплексу, осуществляющему сплайсинг), с которого потом переползают на мРНК. При этом в сам интрон могла закрасться какая-нибудь полезная регуляторная функция, которую нужно активизировать именно в момент сплайсинга.
С точки зрения программиста, сплайсинг (удаление из гена некодирующих частей - интронов) - это удаление комментариев. Комментарии в программе тоже являются информацией, но это информация значительно более высокого порядка - она предназначена для чтения людьми. Для машины же существуют специальные комбинации в начале и конце комментария, по которым он однозначно опознаётся и вырезается.
В случае геномов мы видим, что чем выше организация, тем больше комментариев и тем они длиннее - это естественно. По-видимому, геномы бактерий представляют из себя что-то настолько простое (с точки зрения предположительного Создателя), что комментировать там попросту нечего было. Их геном даже на отдельные хромосомы не делится - что уж тут говорить... :)
С другой стороны, язык развивался, и в какой-то момент в него потребовалось внести изменения. Как мы знаем, в подобных случаях для сохранения совместимости в искусственных языках начинают модифицировать комментарии: с помощью специальных служебных комбинаций часть "комментариев" преобразуется в надстройку языка. Так, например, в HTML в своё время интегрировали скрипты наподобие JavaScript: синтаксически упрятали надстройку в комментарии. Старый синтаксический анализатор просто пропускает их, в то время, как надстроенный в состоянии вычитать из них некоторую мета-информацию.
Далее. Знатоки языка Си (Не Си++, а именно истокового, базового Си) узнают в механизме альтернативного сплайсинга - классический Си-препроцессор с ветвлением! Ничего особенного. Просто в одних условиях в код вставляется один элемент, а в других он либо не вставляется вовсе, либо заменяется другим. В результате код получается компактнее и универсальнее, если нужно удовлетворить различным метаусловиям. Если бы Си-препроцессор не был бы задуман изначально, а появился бы как результат развития языка, то самое естественное - было бы запихнуть его в комментарии, что мы и наблюдаем в природе.
Отдельная мысль о контенте. Недавно мне пришёл спам с сабджектом "Enn111arrginggg y0our peeniss". Отметив про себя, что от популярной идеи, что если все буквы переставить, то человек смысл всё равно прочитает, теперь просто перешли на мягкий финно-угорский акцент, я вдруг сообразил, что это я наблюдаю ни что иное, как... Ну-ка сравните:
gtacaaatattttagatatattcttgatgggtttatttatttagttatttaaatttggcag
gtctgatcacctaaactaaccaaatttgggagattttctaatgaagttattttgtgtgtag
gtaggttttacttgaaactctagctttcgtaattggatcttgatttgttgagcttctttag
(это три коротеньких интрона из генома одного растения)
Правда интересно? В интронах "финно-угорский акцент" очень популярен. Буквы удваиваются, утраиваются, и так далее. А не спам ли это? :)
Вышеприведённые мысли не обязательно отрицают то, что я писал раньше. Ведь вполне возможно к одной функции прилепить какую-нибудь другую. Например, как можно вычитать у Льюина(8е издание), белки, занимающиеся транспортировкой мРНК через поры в ядре, не в состоянии прицепиться к мРНК непосредственно, поэтому они цепляются к сплайсеосоме (комплексу, осуществляющему сплайсинг), с которого потом переползают на мРНК. При этом в сам интрон могла закрасться какая-нибудь полезная регуляторная функция, которую нужно активизировать именно в момент сплайсинга.
