В одном случае полторы-две мегабазы, во втором - не помню. Блин, я видимо рано или зря вытащил этот вопрос на публику, т.к. сам понимаю, что подробностей запомнил недостаточно. Теперь меня по праву заваливают вопросами, ответов на которые у меня нет.
На докладе я как-то о другом думал, и вообще вспомнил о "нестыковке" через пару дней (доклад был в четверг, а постинг написался только в субботу). А сегодня все уже разъехались.
Есть одна "лазейка", на которую можно наверняка списать этот феномен: дело в том, что на той сессии обсуждалась сборка геномов, просеквенированных по "новой технологии" - т.е. из очень коротких ридов (обычный капиллярный рид - примерно 500-700 нуклеотидов, а современный короткий - всего лишь 30-45). Естественно, чем короче отдельный рид, тем сложнее собирать повторы. И хотя сейчас вовсю изобретаются специальные методы, они ещё пока очень молодые. Соответственно, этими методами собранные геномы страдают большими дырками. Короче говоря, на эти дырки и списать. Но может быть и нет :)
![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png)
timeasmymeasure
no subject
Date: 2008-09-14 06:00 pm (UTC)На докладе я как-то о другом думал, и вообще вспомнил о "нестыковке" через пару дней (доклад был в четверг, а постинг написался только в субботу). А сегодня все уже разъехались.
Есть одна "лазейка", на которую можно наверняка списать этот феномен: дело в том, что на той сессии обсуждалась сборка геномов, просеквенированных по "новой технологии" - т.е. из очень коротких ридов (обычный капиллярный рид - примерно 500-700 нуклеотидов, а современный короткий - всего лишь 30-45). Естественно, чем короче отдельный рид, тем сложнее собирать повторы. И хотя сейчас вовсю изобретаются специальные методы, они ещё пока очень молодые. Соответственно, этими методами собранные геномы страдают большими дырками.
Короче говоря, на эти дырки и списать.
Но может быть и нет :)