jayrandom: (Default)
jayrandom ([personal profile] jayrandom) wrote2020-06-19 10:59 pm

Инсайдерская информация про коронавирус

Повстречали сегодня Клэр, бывшую коллегу из Института Сангера, которая сейчас постдок в Кембриджском Университете. Она на добровольных началах пошла в региональную больницу, где проводит лабораторные тестирования мазков на коронавирус.

В числе прочего сообщила нам два интересных числа. Из примерно 8000 подозрений на коронавирус (случаев с симптомами!) тестирование показывает только 200 действительных случаев заболевания. Это 2.5% . У остальных те же симптомы, но без вируса.

Люди, не паникуйте зря. В 97.5% это просто температура.

[identity profile] gnuzzz.livejournal.com 2020-06-20 01:08 am (UTC)(link)
или
у теста очень низкая точность)

[identity profile] jayrandom.livejournal.com 2020-06-20 07:25 am (UTC)(link)
Точность должна быть не хуже, чем у обычных лабораторных опытов с РНК.

Насколько я понял, этот конкретный тест не прошёл каких-то особых оптимизаций на массовость, чтобы его можно было запихнуть в специальную машину и нажать одну большую кнопку, а на выходе получить бинарный результат (в этой фазе массовые производители обычно научаются срезАть углы, экономить на реактивах, материалах и т.д.).

Поэтому пока доверия к этим тестам примерно столько же, сколько к лабораторной молекулярной биологии в целом. Выполнено руками постдока Кембриджского университета :)

[identity profile] gnuzzz.livejournal.com 2020-06-20 11:23 am (UTC)(link)
кажется мы с Вами под точностью теста понимаем разные вещи
Вы - "вероятность найти вирус в образце, если он там есть"
А я - "вероятность найти вирус, если он есть у пациента"
В тест кмк входит не только технология поиска вируса в образце - но и метод забора образца. Грубо говоря, тест не покажет наличие вируса, если у пациента он есть, но в образец почему-то не попал.
Есть гипотеза, что у некоторых (многих?) людей вирус сидит в нижних отделах легких, но на зев (откуда берут мазок) не попадает (или попадает, но периодически). Тест в данном случае ничего не покажет (или покажет только в том случае, если мазок забрать в правильное время).
Просто, очень уж много историй про то, как "первый тест ничего не показал, второй тест ничего не показал, а вот третий тест - положительный". Хотя, конечно, все это может быть просто слухами.

[identity profile] jayrandom.livejournal.com 2020-06-20 12:32 pm (UTC)(link)
Для этого обычно используется термин sensitivity - чувствительность? Вы предполагаете, что тест (даже корректно проведённый) недостаточно чувствителен. Но такие штуки обычно калибруются перед использованием - особенно, массовым использованием, как сейчас.

Кстати, бинарность я не зря упомянул: Клэр говорила, что когда сигнал слишком слабый, они отсылают назад просьбу взять образец повторно, и тест тоже проводят повторно.